കൊച്ചി - സഭാ തര്ക്കത്തെ തുടര്ന്ന് മലങ്കര ഓര്ത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭയുടെ മാനേജിങ് കമ്മിറ്റി അംഗമായിരുന്ന പെരുമ്പാവൂര് സ്വദേശി ടി.എം വര്ഗീസ് കൊലപ്പെട്ട കേസില് മുഴുവന് പ്രതികളെയും വെറുതെ വിട്ടുകൊണ്ട് സി ബി ഐ കോടതിയുടെ വിധി. കൊലപാതകം നടന്ന് 20 വര്ഷങ്ങള്ക്ക് ശേഷമാണ് തെളിവില്ലെന്ന് കണ്ട് മുഴുവന് പ്രതികളെയും വെറുതെ വിട്ടത്. കേസില് ആകെയുള്ള 19 പ്രതികളില് മൂന്നു പേര് നേരത്തെ മരിച്ചിരുന്നു. 2002 ഡിസംബര് അഞ്ചിനാണ് ടി എം വര്ഗീസ് കൊല്ലപ്പെട്ടത്. സഭാ തര്ക്കമാണ് കൊലപാതകത്തിന് കാരണമെന്ന് സി ബി ഐ ആരോപിച്ചിരുന്നു. കേസില് അഞ്ച് വര്ഷം ക്രൈംബ്രാഞ്ച് അന്വേഷണം നടത്തിയെങ്കിലും പ്രതികളെ കണ്ടെത്താനായില്ല. പിന്നീട് 2007 നവംബറിലാണ് സി ബി ഐ അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടത്. മലങ്കര ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭയ്ക്കിടയിലുള്ള തര്ക്കമാണ് കൊലപാതകത്തിന് പിന്നിലെന്നാണ് സി ബി ഐയുടെ കുറ്റപത്രത്തില് പറഞ്ഞിരുന്നത്.